Japanagromyza cercariae- Japanagromyza cupreata
- Japanagromyza deswadivora
- Japanagromyza displicata
- Japanagromyza duchesneae
- Japanagromyza etiennei
- Japanagromyza inaequalis
- Japanagromyza incisa
- Japanagromyza insularum
- Japanagromyza lonchocarpi
- Japanagromyza multiplicata
- Japanagromyza perpetua
- Japanagromyza perplexa
- Japanagromyza philippinensis
- Japanagromyza rutiliceps
- Japanagromyza salicifolii
- Japanagromyza stylata
- Japanagromyza trientis
- Japanagromyza trifida
- Japanagromyza triformis
- Japanagromyza tristella
- Japanagromyza viridula
- Japanagromyza yoshimotoi