- Phytomyza abdita
- Phytomyza abdominalis
- Phytomyza abiskensis
- Phytomyza achilleae
- Phytomyza aconitella
- Phytomyza aconiti
- Phytomyza aconiticola
- Phytomyza aconitophila
- Phytomyza actaeae
- Phytomyza adenostylis
- Phytomyza adjuncta
- Phytomyza affinalis
- Phytomyza affinis
- Phytomyza agromyzina
- Phytomyza alaskana
- Phytomyza albiceps
- Phytomyza albifrons
- Phytomyza albimargo
- Phytomyza albipennis
- Phytomyza aldrichi
- Phytomyza alpina
- Phytomyza analis
- Phytomyza anemonantheae
- Phytomyza anemones
- Phytomyza anemonivora
- Phytomyza angelicae
- Phytomyza angelicastri
- Phytomyza angelicivora
- Phytomyza anonera
- Phytomyza antennata
- Phytomyza anthocercidis
- Phytomyza anthyllidis
- Phytomyza aphyllae
- Phytomyza aquilegiae
- Phytomyza aquilegiana
- Phytomyza aquilegioides
- Phytomyza aquilegiophaga
- Phytomyza aquilegivora
- Phytomyza aquilonia
- Phytomyza araciocecis
- Phytomyza aralivora
- Phytomyza archangelicae
- Phytomyza arnaudi
- Phytomyza arnicae
- Phytomyza arnicicola
- Phytomyza aronici
- Phytomyza artemisivora
- Phytomyza asterophaga
- Phytomyza astotinensis
- Phytomyza astrantiae
- Phytomyza athamantae
- Phytomyza atricornis
- Phytomyza atripalpis
- Phytomyza aurei
- Phytomyza auricornis
- Phytomyza beckwithiae
- Phytomyza bellidina
- Phytomyza betae
- Phytomyza bicolor
- Phytomyza bifida
- Phytomyza bipunctata
- Phytomyza biseta
- Phytomyza brevifacies
- Phytomyza brischkei
- Phytomyza brunnipes
- Phytomyza buhri
- Phytomyza buhriana
- Phytomyza buhriella
- Phytomyza bupleuri
- Phytomyza burchardi
- Phytomyza callianthemi
- Phytomyza calthae
- Phytomyza calthivora
- Phytomyza calthophila
- Phytomyza campanulae
- Phytomyza canadensis
- Phytomyza carbonensis
- Phytomyza caulinaris
- Phytomyza cecidonomia
- Phytomyza centralis
- Phytomyza chaerophylli
- Phytomyza chaerophylliana
- Phytomyza chelonei
- Phytomyza chloophila
- Phytomyza cicutae
- Phytomyza cicutella
- Phytomyza cinerea
- Phytomyza cirrhosae
- Phytomyza cirsii
- Phytomyza clematadi
- Phytomyza clematidella
- Phytomyza clematidicaulis
- Phytomyza clematidis
- Phytomyza clematidophoeta
- Phytomyza clematiphaga
- Phytomyza clematisana
- Phytomyza clematisella
- Phytomyza clematisi
- Phytomyza columbinae
- Phytomyza conii
- Phytomyza coniopais
- Phytomyza continua
- Phytomyza conyzae
- Phytomyza coquillett
- Phytomyza coquilletti
- Phytomyza cortusifolii
- Phytomyza corvimontana
- Phytomyza costata
- Phytomyza crassiseta
- Phytomyza crepidis
- Phytomyza cytisi
- Phytomyza dalmatiensis
- Phytomyza dasyops
- Phytomyza davisii
- Phytomyza delphinii
- Phytomyza delphinivora
- Phytomyza digitalis
- Phytomyza ditmani
- Phytomyza diversicornis
- Phytomyza doronici
- Phytomyza elsae
- Phytomyza enigma
- Phytomyza enigmoides
- Phytomyza erigerontis
- Phytomyza erigerophila hering
- Phytomyza erigerophila
- Phytomyza esakii
- Phytomyza eumorpha
- Phytomyza eupatoriana
- Phytomyza eupatorii
- Phytomyza evanescens
- Phytomyza evansi
- Phytomyza facialis
- Phytomyza fallaciosa
- Phytomyza farfarae
- Phytomyza ferina
- Phytomyza ferulae hering
- Phytomyza ferulae
- Phytomyza ferulivora
- Phytomyza flavicornis
- Phytomyza flavinervis
- Phytomyza flavofemoralis
- Phytomyza flavofemorata
- Phytomyza franzi
- Phytomyza fulgens
- Phytomyza galii
- Phytomyza genalis
- Phytomyza gentinae
- Phytomyza gilva
- Phytomyza glabricola
- Phytomyza glechomae
- Phytomyza globulariae
- Phytomyza griffithsi
- Phytomyza hedingi
- Phytomyza hellebori
- Phytomyza hendeli
- Phytomyza heracleana
- Phytomyza heringiana
- Phytomyza hevacleiplaza
- Phytomyza hiemalis
- Phytomyza homogyneae
- Phytomyza hoppi
- Phytomyza humilis
- Phytomyza hydrangeae
- Phytomyza ilicicola
- Phytomyza ilicis
- Phytomyza infelix
- Phytomyza interrupta
- Phytomyza isais
- Phytomyza isophylli
- Phytomyza japonica
- Phytomyza jugalis
- Phytomyza kaltenbachi
- Phytomyza kibunensis
- Phytomyza kisakai
- Phytomyza knowltoniae
- Phytomyza krygeri
- Phytomyza kyfhusana
- Phytomyza lachosternum
- Phytomyza lanati
- Phytomyza lappae
- Phytomyza latifolii
- Phytomyza latifrons
- Phytomyza leucanthemi
- Phytomyza libanotidis
- Phytomyza lithospermi
- Phytomyza loewii
- Phytomyza lupini
- Phytomyza lusatica
- Phytomyza luteoscutellata
- Phytomyza lycopi
- Phytomyza major
- Phytomyza marginella
- Phytomyza matricariae
- Phytomyza medicaginis
- Phytomyza melana
- Phytomyza melanella
- Phytomyza meridensis
- Phytomyza meridialis
- Phytomyza minuscula
- Phytomyza minuta
- Phytomyza minutissima
- Phytomyza misella
- Phytomyza monori
- Phytomyza montana
- Phytomyza multifidae
- Phytomyza murina
- Phytomyza mutellinae
- Phytomyza mylini
- Phytomyza myosotica
- Phytomyza narcissiflorae
- Phytomyza natalensis
- Phytomyza nepalensis
- Phytomyza nepetae
- Phytomyza nigra
- Phytomyza nigricoxa
- Phytomyza nigrifemur
- Phytomyza nigrinerris
- Phytomyza nigrinervis
- Phytomyza nigripennis
- Phytomyza nigrita
- Phytomyza nigritella
- Phytomyza nigroorbitalis
- Phytomyza nishijimai
- Phytomyza notata
- Phytomyza novitzkyi
- Phytomyza obscura
- Phytomyza obscurella
- Phytomyza oenanthes
- Phytomyza oenanthica
- Phytomyza oenanthoides
- Phytomyza opaca
- Phytomyza opacae
- Phytomyza oreophila
- Phytomyza orientalis
- Phytomyza origani
- Phytomyza orindensis
- Phytomyza orobanchia
- Phytomyza osmorhizae
- Phytomyza ovalis
- Phytomyza palliata
- Phytomyza pallida
- Phytomyza paniculatae
- Phytomyza parva
- Phytomyza parvicella
- Phytomyza pastinacae
- Phytomyza pauliloewi
- Phytomyza pedicularicaulis
- Phytomyza pedicularidis
- Phytomyza pedicularifolii
- Phytomyza penicilla
- Phytomyza penstemonella
- Phytomyza penstemonis
- Phytomyza periclymeni
- Phytomyza permutata
- Phytomyza persicae
- Phytomyza petoei
- Phytomyza peucedani
- Phytomyza phellandrii
- Phytomyza phillyreae
- Phytomyza philoclematidis
- Phytomyza picridocecis
- Phytomyza pimpinellae
- Phytomyza plantaginis
- Phytomyza plumiseta
- Phytomyza podagrariae
- Phytomyza polycladae
- Phytomyza poppii
- Phytomyza ptarmicae
- Phytomyza pubicornis
- Phytomyza pulchella
- Phytomyza pulchra
- Phytomyza pullula
- Phytomyza pulmonariae
- Phytomyza pulsatillae
- Phytomyza pulsatillicola
- Phytomyza queribunda
- Phytomyza ranunculi
- Phytomyza ranunculicola
- Phytomyza ranunculina
- Phytomyza ranunculivora
- Phytomyza ranunculoides
- Phytomyza rapunculi
- Phytomyza ravasternopleuralis
- Phytomyza rectae
- Phytomyza rhabdophora
- Phytomyza robustella
- Phytomyza rostrata
- Phytomyza rufescens
- Phytomyza rufipes
- Phytomyza rydeni
- Phytomyza rydeniella
- Phytomyza salviae
- Phytomyza saniculae
- Phytomyza saskatoonensis
- Phytomyza saximontana
- Phytomyza scaligerae
- Phytomyza scaligeriae
- Phytomyza schutzei
- Phytomyza scolopendri
- Phytomyza scotina
- Phytomyza sedi
- Phytomyza sedicola
- Phytomyza selini
- Phytomyza senecionis
- Phytomyza seneciovora
- Phytomyza seseleos
- Phytomyza setipes
- Phytomyza sii
- Phytomyza silai
- Phytomyza smyrnii
- Phytomyza socia
- Phytomyza soenderupi
- Phytomyza solidaginis
- Phytomyza solidaginivora
- Phytomyza solidaginophaga
- Phytomyza solita
- Phytomyza sphondylii
- Phytomyza sphondyliivora
- Phytomyza spinaciae
- Phytomyza spoliata
- Phytomyza spondylii
- Phytomyza stolonigena
- Phytomyza subalpina
- Phytomyza subtenella
- Phytomyza subtilis
- Phytomyza swertiae
- Phytomyza symphyti
- Phytomyza tanaceti
- Phytomyza taraxaci
- Phytomyza tenella
- Phytomyza testacea
- Phytomyza tetrasticha
- Phytomyza thalictrella
- Phytomyza thalictri
- Phytomyza thalictricola
- Phytomyza thalictrivora
- Phytomyza thymi
- Phytomyza thysselini
- Phytomyza thysselinivora
- Phytomyza timida
- Phytomyza tlingitica
- Phytomyza tottoriensis
- Phytomyza trivittata
- Phytomyza trollii
- Phytomyza trolliivora
- Phytomyza trolliophila
- Phytomyza tussilaginis
- Phytomyza umbelliferarum
- Phytomyza varipes
- Phytomyza vernalis
- Phytomyza veronicicola
- Phytomyza verticillatae
- Phytomyza virgaureae
- Phytomyza vitalbae
- Phytomyza vitalbella
- Phytomyza vomitoria
- Phytomyza vomitoriae
- Phytomyza wahlgreni