- Chrysonotomyia acutangula
- Chrysonotomyia aemilia
- Chrysonotomyia albifascia
- Chrysonotomyia albogilva
- Chrysonotomyia alpigena
- Chrysonotomyia altamirae
- Chrysonotomyia arenalicola
- Chrysonotomyia auripunctata
- Chrysonotomyia barbata
- Chrysonotomyia bivittata
- Chrysonotomyia burrufascia
- Chrysonotomyia cecropiae
- Chrysonotomyia cnecosoma
- Chrysonotomyia conostegiae
- Chrysonotomyia cornigera
- Chrysonotomyia deltaceps
- Chrysonotomyia dictyota
- Chrysonotomyia dinomerinx
- Chrysonotomyia erugata
- Chrysonotomyia fasciata
- Chrysonotomyia germanica
- Chrysonotomyia graminicola
- Chrysonotomyia indigitus
- Chrysonotomyia jimenezi
- Chrysonotomyia laevis
- Chrysonotomyia laeviscuta
- Chrysonotomyia lapierrei
- Chrysonotomyia lavirgenensis
- Chrysonotomyia leucotela
- Chrysonotomyia limbata
- Chrysonotomyia lioceps
- Chrysonotomyia locustivora
- Chrysonotomyia macrura
- Chrysonotomyia maculata
- Chrysonotomyia megalops
- Chrysonotomyia metallica
- Chrysonotomyia micraulax
- Chrysonotomyia montigena
- Chrysonotomyia multitincta
- Chrysonotomyia neeigena
- Chrysonotomyia niveicrus
- Chrysonotomyia obesula
- Chrysonotomyia osae
- Chrysonotomyia pansata
- Chrysonotomyia parva
- Chrysonotomyia perlonga
- Chrysonotomyia phenacapsia
- Chrysonotomyia pherocera
- Chrysonotomyia planiseta
- Chrysonotomyia postmarginaloides
- Chrysonotomyia propodealis
- Chrysonotomyia reticulata
- Chrysonotomyia rubii
- Chrysonotomyia santarosae
- Chrysonotomyia serjaniae
- Chrysonotomyia setiscuta
- Chrysonotomyia solidaginis
- Chrysonotomyia strigifer
- Chrysonotomyia striolata
- Chrysonotomyia upalacola
- Chrysonotomyia varitincta