- Microphysogobio alticorpus
- Microphysogobio amurensis
- Microphysogobio brevirostris
- Microphysogobio chinssuensis
- Microphysogobio elongatus
- Microphysogobio fukiensis
- Microphysogobio jeoni
- Microphysogobio kachekensis
- Microphysogobio kiatingensis
- Microphysogobio koreensis
- Microphysogobio labeoides
- Microphysogobio longidorsalis
- Microphysogobio tungtingensis
- Microphysogobio yaluensis
- Microphysogobio yunnanensis