Ctenogobius aterrimus- Ctenogobius boleosoma
- Ctenogobius brevirostris
- Ctenogobius calamianensis
- Ctenogobius cervicosquamus
- Ctenogobius chusanensis
- Ctenogobius clarki
- Ctenogobius claytonii
- Ctenogobius fasciatus
- Ctenogobius lepturus
- Ctenogobius lini
- Ctenogobius manglicola
- Ctenogobius phenacus
- Ctenogobius pseudofasciatus
- Ctenogobius rabori
- Ctenogobius saepepallens
- Ctenogobius sagittula
- Ctenogobius shennongensis
- Ctenogobius shufeldti
- Ctenogobius smaragdus
- Ctenogobius stigmaticus
- Ctenogobius stigmaturus
- Ctenogobius thoropsis
- Ctenogobius virgatulus
- Ctenogobius waigiensis