Hypostomus affinis- Hypostomus agna
- Hypostomus alatus
- Hypostomus albopunctatus
- Hypostomus ancistroides
- Hypostomus annectens
- Hypostomus argus
- Hypostomus asperatus
- Hypostomus aspilogaster
- Hypostomus auroguttatus
- Hypostomus bolivianus
- Hypostomus borellii
- Hypostomus boulengeri
- Hypostomus brevicauda
- Hypostomus brevis
- Hypostomus carinatus
- Hypostomus carvalhoi
- Hypostomus chrysostiktos
- Hypostomus cochliodon
- Hypostomus commersoni
- Hypostomus coppenamensis
- Hypostomus corantijni
- Hypostomus derbyi
- Hypostomus dlouhyi
- Hypostomus ericae
- Hypostomus ericius
- Hypostomus fonchii
- Hypostomus garmani
- Hypostomus gymnorhynchus
- Hypostomus hemicochliodon
- Hypostomus hemiurus
- Hypostomus hermanni
- Hypostomus holostictus
- Hypostomus hondae
- Hypostomus hoplonites
- Hypostomus isbrueckeri
- Hypostomus jaguribensis
- Hypostomus johnii
- Hypostomus laplatae
- Hypostomus latifrons
- Hypostomus latirostris
- Hypostomus levis
- Hypostomus lexi
- Hypostomus lima
- Hypostomus luetkeni
- Hypostomus luteomaculatus
- Hypostomus macrops
- Hypostomus macushi
- Hypostomus micromaculatus
- Hypostomus microstomus
- Hypostomus nematopterus
- Hypostomus niceforoi
- Hypostomus nickeriensis
- Hypostomus oculeus
- Hypostomus pagei
- Hypostomus paranensis
- Hypostomus paulinus
- Hypostomus piratatu
- Hypostomus plecostomoides
- Hypostomus plecostomus
- Hypostomus pospisili
- Hypostomus pseudohemiurus
- Hypostomus punctatus
- Hypostomus pusarum
- Hypostomus pyrineusi
- Hypostomus regani
- Hypostomus rhantos
- Hypostomus robinii
- Hypostomus roseopunctatus
- Hypostomus saramaccensis
- Hypostomus sculpodon
- Hypostomus strigaticeps
- Hypostomus surinamensis
- Hypostomus taphorni
- Hypostomus ternetzi
- Hypostomus tietensis
- Hypostomus unae
- Hypostomus uruguayensis
- Hypostomus vaillanti
- Hypostomus ventromaculatus
- Hypostomus vermicularis
- Hypostomus watwata
- Hypostomus weberi
- Hypostomus wilsoni
- Hypostomus wuchereri