- Neotoma albigula
- Neotoma angustapalata
- Neotoma anthonyi
- Neotoma bryanti
- Neotoma bunkeri
- Neotoma chrysomelas
- Neotoma cinerea
- Neotoma devia
- Neotoma findleyi
- Neotoma floridana
- Neotoma fossilis
- Neotoma fuscipes
- Neotoma goldmani
- Neotoma lepida
- Neotoma leucodon
- Neotoma macrotis
- Neotoma magister
- Neotoma martinensis
- Neotoma mexicana
- Neotoma micropus
- Neotoma nelsoni
- Neotoma palatina
- Neotoma phenax
- Neotoma pygmaea
- Neotoma stephensi
- Neotoma varia
- Neotoma vaughani
- Parahodomys quadriplicatus