Thomasomys andersoni- Thomasomys apeco
- Thomasomys aureus
- Thomasomys baeops
- Thomasomys bombycinus
- Thomasomys caudivarius
- Thomasomys cinereiventer
- Thomasomys cinereus
- Thomasomys cinnameus
- Thomasomys daphne
- Thomasomys eleusis
- Thomasomys erro
- Thomasomys gracilis
- Thomasomys hudsoni
- Thomasomys hylophilus
- Thomasomys incanus
- Thomasomys ischyrus
- Thomasomys kalinowskii
- Thomasomys ladewi
- Thomasomys laniger
- Thomasomys macrotis
- Thomasomys monochromos
- Thomasomys niveipes
- Thomasomys notatus
- Thomasomys onkiro
- Thomasomys oreas
- Thomasomys paramorum
- Thomasomys popayanus
- Thomasomys praetor
- Thomasomys pyrrhonotus
- Thomasomys rhoadsi
- Thomasomys rosalinda
- Thomasomys silvestris
- Thomasomys taczanowskii
- Thomasomys ucucha
- Thomasomys vestitus
- Thomasomys vulcani