- Proteocephalus aberrans
- Proteocephalus abscisus
- Proteocephalus agkistrodontis
- Proteocephalus ambiguus
- Proteocephalus ambloplitis
- Proteocephalus amphiumicola
- Proteocephalus australis
- Proteocephalus beauchampi
- Proteocephalus bivitellatus
- Proteocephalus brooksi
- Proteocephalus buplanensis
- Proteocephalus californicus
- Proteocephalus cernuae
- Proteocephalus chamelensis
- Proteocephalus chologasteri
- Proteocephalus cobraeformis
- Proteocephalus cunningtoni
- Proteocephalus dinotopteri
- Proteocephalus dubius
- Proteocephalus elongatus
- Proteocephalus exiguus
- Proteocephalus fallax
- Proteocephalus filicollis
- Proteocephalus fluviatilis
- Proteocephalus glanduligerus
- Proteocephalus gobiorum
- Proteocephalus hemioliopteri
- Proteocephalus kuyukuyu
- Proteocephalus laruei
- Proteocephalus longicollis
- Proteocephalus luciopercae
- Proteocephalus macrocephalus
- Proteocephalus macrophallus
- Proteocephalus microscopicus
- Proteocephalus neglectus
- Proteocephalus niuginii
- Proteocephalus ocellatus
- Proteocephalus papuensis
- Proteocephalus parallacticus
- Proteocephalus pearsei
- Proteocephalus pentastomus
- Proteocephalus percae
- Proteocephalus perplexus
- Proteocephalus pinguis
- Proteocephalus platystomi
- Proteocephalus plecoglossi
- Proteocephalus pollanicola
- Proteocephalus primaverus
- Proteocephalus ptychocheilus
- Proteocephalus pusillus
- Proteocephalus renaudi
- Proteocephalus robustus
- Proteocephalus sagittus
- Proteocephalus salmonidicola
- Proteocephalus sandgroundi
- Proteocephalus scelopori
- Proteocephalus singularis
- Proteocephalus sireni
- Proteocephalus soniae
- Proteocephalus stizostethi
- Proteocephalus sulcatus
- Proteocephalus synodontis
- Proteocephalus tetrastomus
- Proteocephalus thymalli
- Proteocephalus torulosus
- Proteocephalus trimeresuri
- Proteocephalus variabilis
- Proteocephalus wickliffi