Eimeria acervulina- Eimeria alligatori
- Eimeria amphisbaeniae
- Eimeria amphorae
- Eimeria angusta
- Eimeria apalone
- Eimeria arloingi
- Eimeria arnyi
- Eimeria avilae
- Eimeria bautistae
- Eimeria beccari
- Eimeria bonasa
- Eimeria bovis
- Eimeria brevoortianae
- Eimeria brunetti
- Eimeria butkai
- Eimeria cameronensis
- Eimeria caretta
- Eimeria chaetodipi
- Eimeria chiricahuensis
- Eimeria christenseni
- Eimeria conanti
- Eimeria crandallis
- Eimeria cyclopion
- Eimeria debliecki
- Eimeria dixoni
- Eimeria egregia
- Eimeria fasciatus
- Eimeria faurei
- Eimeria fulva
- Eimeria granulosa
- Eimeria halleri
- Eimeria harlani
- Eimeria hatcheri
- Eimeria kanyana
- Eimeria korros
- Eimeria lineri
- Eimeria manatus
- Eimeria maxima
- Eimeria mitis
- Eimeria mivati
- Eimeria modesta
- Eimeria necatrix
- Eimeria noctisauris
- Eimeria nodulosa
- Eimeria ovina
- Eimeria parva
- Eimeria perforans
- Eimeria pleistocenensis
- Eimeria praecox
- Eimeria sceloporis
- Eimeria schwartzi
- Eimeria scincellae
- Eimeria scriptae
- Eimeria septemvittata
- Eimeria serraslami
- Eimeria sexlineatus
- Eimeria somervellensis
- Eimeria spalacensis
- Eimeria spinifera
- Eimeria stiedai
- Eimeria takydromi
- Eimeria tenella
- Eimeria turcicus
- Eimeria whitakeri
- Eimeria witcheri