Stigmidium aggregatum- Stigmidium allogenum
- Stigmidium apophlaeae
- Stigmidium arthoniae
- Stigmidium arthrorhaphidis
- Stigmidium ascophylli
- Stigmidium caloplacae
- Stigmidium catapyrenii
- Stigmidium cerinae
- Stigmidium cladoniicola
- Stigmidium congestum
- Stigmidium degelii
- Stigmidium ephebes
- Stigmidium epiphyllum
- Stigmidium epistigmellum
- Stigmidium epixanthum
- Stigmidium eucline
- Stigmidium frigidum
- Stigmidium fuscatae
- Stigmidium gyrophorarum
- Stigmidium haesitans
- Stigmidium hageniae
- Stigmidium hesperium
- Stigmidium joergensenii
- Stigmidium lecidellae
- Stigmidium lendemeri
- Stigmidium leucophlebiae
- Stigmidium lichenum
- Stigmidium marinum
- Stigmidium microspilum
- Stigmidium microsporum
- Stigmidium mycobilimbiae
- Stigmidium parasiticum
- Stigmidium parvum
- Stigmidium peltideae
- Stigmidium pumilum
- Stigmidium punctillum
- Stigmidium rivulorum
- Stigmidium schaereri
- Stigmidium solorinarium
- Stigmidium squamariae
- Stigmidium stygnospila
- Stigmidium superpositum
- Stigmidium tabacinae
- Stigmidium vezdae
- Stigmidium xanthoparmeliarum