Arthopyrenia adnexa- Arthopyrenia amaura
- Arthopyrenia anacardii
- Arthopyrenia analepta
- Arthopyrenia annulata
- Arthopyrenia arnoldii
- Arthopyrenia atomarioides
- Arthopyrenia bifera
- Arthopyrenia carneobrunneola
- Arthopyrenia cerasi
- Arthopyrenia cinchonae
- Arthopyrenia cinerascens
- Arthopyrenia cinereopruinosa
- Arthopyrenia cinerescens
- Arthopyrenia consanguinea
- Arthopyrenia conspurcans
- Arthopyrenia copromya
- Arthopyrenia degelii
- Arthopyrenia didymelloides
- Arthopyrenia ectropoma
- Arthopyrenia elachistotera
- Arthopyrenia exasperata
- Arthopyrenia extensa
- Arthopyrenia fallacior
- Arthopyrenia geminipara
- Arthopyrenia glaucescens
- Arthopyrenia glaucina
- Arthopyrenia glaucoatra
- Arthopyrenia gracilenta
- Arthopyrenia grisea
- Arthopyrenia humicola
- Arthopyrenia inconspicua
- Arthopyrenia intersistens
- Arthopyrenia lapponina
- Arthopyrenia latzelii
- Arthopyrenia leptosporiza
- Arthopyrenia lichenoides
- Arthopyrenia litoralis
- Arthopyrenia lyrata
- Arthopyrenia maraccitula
- Arthopyrenia minor
- Arthopyrenia minuta
- Arthopyrenia molinii
- Arthopyrenia mycoporoides
- Arthopyrenia nitescens
- Arthopyrenia oblongens
- Arthopyrenia passerina
- Arthopyrenia philippinensis
- Arthopyrenia pithyphila
- Arthopyrenia planior
- Arthopyrenia planorbiculata
- Arthopyrenia planorbis
- Arthopyrenia platypyrenia
- Arthopyrenia plumbaria
- Arthopyrenia pongamiae
- Arthopyrenia porospora
- Arthopyrenia punctuliformis
- Arthopyrenia quinqueseptatula
- Arthopyrenia ranuculospora
- Arthopyrenia salicis
- Arthopyrenia scotofora
- Arthopyrenia spilobola
- Arthopyrenia stenospora
- Arthopyrenia subalbicans
- Arthopyrenia subcerasi
- Arthopyrenia subconfluens
- Arthopyrenia subimitans
- Arthopyrenia submuriformis
- Arthopyrenia subprostans
- Arthopyrenia subpunctiformis
- Arthopyrenia taxodii
- Arthopyrenia tenuis
- Arthopyrenia truncata
- Arthopyrenia tuckerae
- Arthopyrenia umbripicta
- Arthopyrenia uniformis
- Arthopyrenia vainioana
- Arthopyrenia virella
- Arthopyrenia zonata