- Alternaria abundans
- Alternaria abutilonis
- Alternaria alternata
- Alternaria amaranthi
- Alternaria angustiovoidea
- Alternaria asclepiadea
- Alternaria atra
- Alternaria bornmuelleri
- Alternaria botrytis
- Alternaria brassicae
- Alternaria brassicicola
- Alternaria catalpae
- Alternaria caudata
- Alternaria cheiranthi
- Alternaria citri
- Alternaria compacta
- Alternaria congesta
- Alternaria constricta
- Alternaria cookei
- Alternaria crassa
- Alternaria cucumerina
- Alternaria dauci
- Alternaria embellisia
- Alternaria eryngii
- Alternaria ethzedia
- Alternaria euphorbiae
- Alternaria euphorbiicola
- Alternaria eureka
- Alternaria gaisen
- Alternaria gossypina
- Alternaria grossulariae
- Alternaria helianthiinficiens
- Alternaria hibiscina
- Alternaria indefessa
- Alternaria infectoria
- Alternaria iridicola
- Alternaria limaciformis
- Alternaria linariae
- Alternaria longipes
- Alternaria mali
- Alternaria malvae-vulgaris
- Alternaria maritima
- Alternaria molesta
- Alternaria negundinicola
- Alternaria nelumbicola
- Alternaria olivacea
- Alternaria ornatissima
- Alternaria oudemansii
- Alternaria panax
- Alternaria papaveris
- Alternaria penicillata
- Alternaria photistica
- Alternaria planifunda
- Alternaria porri
- Alternaria radicina
- Alternaria raphani
- Alternaria saponariae
- Alternaria scrophulariae
- Alternaria septospora
- Alternaria solani
- Alternaria sonchi
- Alternaria striiformis
- Alternaria tabacina
- Alternaria tenuissima
- Alternaria terricola
- Alternaria tomato
- Alternaria tumida
- Alternaria uredinis
- Alternaria zinniae