Mycomicrothelia apposita- Mycomicrothelia atlantica
- Mycomicrothelia captiosa
- Mycomicrothelia confluens
- Mycomicrothelia confusa
- Mycomicrothelia decipiens
- Mycomicrothelia hemisphaerica
- Mycomicrothelia lateralis
- Mycomicrothelia lojkae
- Mycomicrothelia melanospora
- Mycomicrothelia miculiformis
- Mycomicrothelia modesta
- Mycomicrothelia oleosa
- Mycomicrothelia punctata
- Mycomicrothelia queenslandica
- Mycomicrothelia rubrostoma
- Mycomicrothelia subfallens
- Mycomicrothelia thelena
- Mycomicrothelia triangularis
- Mycomicrothelia wallrothii
- Mycomicrothelia xanthonica