Phomopsis acanthi- Phomopsis acerina
- Phomopsis achilleae
- Phomopsis ailanthi
- Phomopsis allescheriana
- Phomopsis alnea
- Phomopsis alsophilae
- Phomopsis amazonica
- Phomopsis andina
- Phomopsis arctii
- Phomopsis arecae
- Phomopsis artabotrydis
- Phomopsis aruncina
- Phomopsis asparagi
- Phomopsis aucubae
- Phomopsis bakeri
- Phomopsis banksiae
- Phomopsis batatas
- Phomopsis bossiaeae
- Phomopsis bougainvilleae
- Phomopsis brachysematis
- Phomopsis brassicae
- Phomopsis buddlejae
- Phomopsis cajani
- Phomopsis calophacae
- Phomopsis camelliae-japonicae
- Phomopsis caricae-papayae
- Phomopsis carnea
- Phomopsis caryophylli
- Phomopsis cestri
- Phomopsis cinerescens
- Phomopsis citri
- Phomopsis citriodora
- Phomopsis cocoes
- Phomopsis coneglanensis
- Phomopsis consocia
- Phomopsis copelandii
- Phomopsis corylopsidis
- Phomopsis crustosa
- Phomopsis cryptica
- Phomopsis cucurbitae
- Phomopsis cynanchicola
- Phomopsis dauci
- Phomopsis dearnessiana
- Phomopsis denigrata
- Phomopsis desmazieri
- Phomopsis detrusa
- Phomopsis dioscoreae
- Phomopsis dulcamarae
- Phomopsis durandiana
- Phomopsis dysoxyli
- Phomopsis ebulina
- Phomopsis eriodendri
- Phomopsis fagicola
- Phomopsis garryae
- Phomopsis genistae-tinctoriae
- Phomopsis glandicola
- Phomopsis gliricidiae
- Phomopsis gnomoniae
- Phomopsis grewiae
- Phomopsis heckeriae
- Phomopsis heraclei
- Phomopsis impatientis
- Phomopsis importata
- Phomopsis inaequalis
- Phomopsis incarcerata
- Phomopsis inconstans
- Phomopsis indigoferae
- Phomopsis ingae-dulcis
- Phomopsis japonica
- Phomopsis juniperivora
- Phomopsis kalmiae
- Phomopsis kentrophylli
- Phomopsis kiggelariae
- Phomopsis landeghemiae
- Phomopsis lathyrina
- Phomopsis latifolia
- Phomopsis lentisci
- Phomopsis leptographa
- Phomopsis leucothoes
- Phomopsis leycesteriae
- Phomopsis ligustri-vulgaris
- Phomopsis liriodendri
- Phomopsis litoralis
- Phomopsis longiparaphysata
- Phomopsis ludwigii
- Phomopsis machaeriicola
- Phomopsis machaerlicola
- Phomopsis magnoliicola
- Phomopsis malvacearum
- Phomopsis mangiferae
- Phomopsis marrubii
- Phomopsis marsdeniae
- Phomopsis mazzantioides
- Phomopsis meliloti
- Phomopsis melocacticola
- Phomopsis menispermi
- Phomopsis mimusopsidis
- Phomopsis missouriensis
- Phomopsis moricola
- Phomopsis musicola
- Phomopsis myricariae
- Phomopsis myriosticta
- Phomopsis nicotianea
- Phomopsis nivea
- Phomopsis oblita
- Phomopsis obscurans
- Phomopsis opulana
- Phomopsis oreodaphnes
- Phomopsis oxalina
- Phomopsis oxydendri
- Phomopsis oxyspora
- Phomopsis palmicola
- Phomopsis pandani
- Phomopsis papayae
- Phomopsis parabolica
- Phomopsis petersii
- Phomopsis petiolorum
- Phomopsis phaseoli
- Phomopsis phlyctaenoides
- Phomopsis piceae
- Phomopsis pimpinellae
- Phomopsis pinophylla
- Phomopsis podalyriae
- Phomopsis polygalae-myrtifoliae
- Phomopsis pruni
- Phomopsis pseudoplatani
- Phomopsis pterophila
- Phomopsis pulla
- Phomopsis pungens
- Phomopsis pustulata
- Phomopsis putator
- Phomopsis pyrrhocystis
- Phomopsis quercina
- Phomopsis quercus
- Phomopsis radula
- Phomopsis revellens
- Phomopsis rhinanthi
- Phomopsis rhodotypi
- Phomopsis rhois
- Phomopsis ribicola
- Phomopsis ricinella
- Phomopsis rutae
- Phomopsis ryckholtii
- Phomopsis sachalinensis
- Phomopsis salicina
- Phomopsis sambucella
- Phomopsis sambucina
- Phomopsis sarmentella
- Phomopsis sarothamni
- Phomopsis saxegothaeae
- Phomopsis schoenocauli
- Phomopsis scobina
- Phomopsis siphonodontis
- Phomopsis sophorae
- Phomopsis sorbina
- Phomopsis stewartii
- Phomopsis stictica
- Phomopsis stillingiae
- Phomopsis swainsonae
- Phomopsis syringina
- Phomopsis tami
- Phomopsis thujae
- Phomopsis trochodendri
- Phomopsis tulasnei
- Phomopsis velata
- Phomopsis venenosa
- Phomopsis vexans
- Phomopsis vignae
- Phomopsis vismiae