- Gnomonia agrifoliae
- Gnomonia alnea
- Gnomonia alni
- Gnomonia amoena
- Gnomonia appendiculata
- Gnomonia ariae
- Gnomonia betulae-pubescentis
- Gnomonia betulina
- Gnomonia caryae
- Gnomonia cerastis
- Gnomonia chamaemori
- Gnomonia coriacea
- Gnomonia curvirostra
- Gnomonia dalibardae
- Gnomonia dryadis
- Gnomonia emarginata
- Gnomonia fahrendorffii
- Gnomonia fautreyi
- Gnomonia fimbriata
- Gnomonia gnomon
- Gnomonia graphis
- Gnomonia linnaeae
- Gnomonia litseae
- Gnomonia megalocarpa
- Gnomonia nerviseda
- Gnomonia nervisequa
- Gnomonia niesslii
- Gnomonia peckii
- Gnomonia perfidiosa
- Gnomonia perversa
- Gnomonia pruni
- Gnomonia pseudamoena
- Gnomonia pseudoamoena
- Gnomonia pulcherrima
- Gnomonia quercus-borealis
- Gnomonia radicicola
- Gnomonia raui
- Gnomonia rhododendri
- Gnomonia rhoicola
- Gnomonia ribicola
- Gnomonia ribis
- Gnomonia riparia
- Gnomonia robertiani
- Gnomonia rubi
- Gnomonia sentierensis
- Gnomonia setiformis
- Gnomonia sibbaldiae
- Gnomonia similisetacea
- Gnomonia spermagonioides
- Gnomonia spermogonioides
- Gnomonia suspecta
- Gnomonia tenella
- Gnomonia tetraspora
- Gnomonia ulmi
- Gnomonia viburni-opuli