Botryodiplodia acerina- Botryodiplodia acervata
- Botryodiplodia acicola
- Botryodiplodia alni
- Botryodiplodia anceps
- Botryodiplodia anthophila
- Botryodiplodia arengocarpa
- Botryodiplodia atra
- Botryodiplodia atroviolacea
- Botryodiplodia baccharidis
- Botryodiplodia bakeri
- Botryodiplodia batatas
- Botryodiplodia betulina
- Botryodiplodia calamina
- Botryodiplodia camerunensis
- Botryodiplodia caricae
- Botryodiplodia celtidis
- Botryodiplodia cerebrina
- Botryodiplodia chamaedoreae
- Botryodiplodia chimonanthi
- Botryodiplodia circinans
- Botryodiplodia clusiae
- Botryodiplodia crataegi
- Botryodiplodia crebra
- Botryodiplodia curta
- Botryodiplodia dilleniae
- Botryodiplodia diospyri
- Botryodiplodia diplocarpa
- Botryodiplodia dracaenicola
- Botryodiplodia elbursensis
- Botryodiplodia epidendri
- Botryodiplodia eucleae
- Botryodiplodia excelsa
- Botryodiplodia excipuloides
- Botryodiplodia ficina
- Botryodiplodia filigera
- Botryodiplodia fraxini
- Botryodiplodia gallae
- Botryodiplodia heterospora
- Botryodiplodia ingae
- Botryodiplodia jasmini
- Botryodiplodia jasminicola
- Botryodiplodia lecanidion
- Botryodiplodia lussoniensis
- Botryodiplodia mangiferae
- Botryodiplodia manihoticola
- Botryodiplodia manihotis
- Botryodiplodia meliae
- Botryodiplodia micheliae
- Botryodiplodia moringae
- Botryodiplodia musangae
- Botryodiplodia nerii
- Botryodiplodia palmarum
- Botryodiplodia pandani
- Botryodiplodia penzigii
- Botryodiplodia persicae
- Botryodiplodia phaseolina
- Botryodiplodia piperina
- Botryodiplodia pritzeliana
- Botryodiplodia pseudacaciae
- Botryodiplodia ravenelii
- Botryodiplodia rhois
- Botryodiplodia ricinicola
- Botryodiplodia rubi
- Botryodiplodia saccharina
- Botryodiplodia seriata
- Botryodiplodia sorghi
- Botryodiplodia syconophila
- Botryodiplodia symbolanthi
- Botryodiplodia tamarindica
- Botryodiplodia tanaria
- Botryodiplodia yaquensis