- Hypomyces albidus
- Hypomyces alboluteus
- Hypomyces amaurodermatis
- Hypomyces apiculatus
- Hypomyces apiosporus
- Hypomyces armeniacus
- Hypomyces aurantius
- Hypomyces australis
- Hypomyces badius
- Hypomyces banningiae
- Hypomyces batavus
- Hypomyces biasolettianus
- Hypomyces boletiphagus
- Hypomyces bombacinus
- Hypomyces bresadolae
- Hypomyces cervinus
- Hypomyces chlorinigenus
- Hypomyces chlorinus
- Hypomyces chromaticus
- Hypomyces chrysospermus
- Hypomyces completus
- Hypomyces corticiicola
- Hypomyces dactylarioides
- Hypomyces deformans
- Hypomyces ekmanii
- Hypomyces flavescens
- Hypomyces flavolanatus
- Hypomyces floccosus
- Hypomyces hyalinus
- Hypomyces inaequalis
- Hypomyces insignis
- Hypomyces javanicus
- Hypomyces lactifluorum
- Hypomyces lateritius
- Hypomyces leotiicola
- Hypomyces linearis
- Hypomyces lithuanicus
- Hypomyces luteovirens
- Hypomyces macrosporus
- Hypomyces melanocarpus
- Hypomyces melanochlorus
- Hypomyces melanostigma
- Hypomyces microspermus
- Hypomyces mycogones
- Hypomyces mycophilus
- Hypomyces novae-zelandiae
- Hypomyces ochraceus
- Hypomyces odoratus
- Hypomyces orthosporus
- Hypomyces paeonius
- Hypomyces pallidus
- Hypomyces papulasporae
- Hypomyces parvisporus
- Hypomyces parvus
- Hypomyces pergamenus
- Hypomyces perniciosus
- Hypomyces petchii
- Hypomyces polyporinus
- Hypomyces porphyreus
- Hypomyces pseudopolyporinus
- Hypomyces purpureus
- Hypomyces rosellus
- Hypomyces semitranslucens
- Hypomyces sepulchralis
- Hypomyces sibirinae
- Hypomyces spadiceus
- Hypomyces stephanomatis
- Hypomyces stuhlmannii
- Hypomyces subaurantius
- Hypomyces subiculosus
- Hypomyces succineus
- Hypomyces sulphureus
- Hypomyces sympodiophorus
- Hypomyces tegillum
- Hypomyces tomentosus
- Hypomyces torminosus
- Hypomyces transformans
- Hypomyces triseptatus
- Hypomyces vanbruntianus
- Hypomyces villosus
- Hypomyces viridis
- Hypomyces volemi
- Hypomyces xylophilus