- Phaeoclavulina abietina
- Phaeoclavulina argentea
- Phaeoclavulina articulotela
- Phaeoclavulina cokeri
- Phaeoclavulina curta
- Phaeoclavulina cyanocephala
- Phaeoclavulina echinovirens
- Phaeoclavulina flaccida
- Phaeoclavulina gigantea
- Phaeoclavulina grandis
- Phaeoclavulina guadelupensis
- Phaeoclavulina guyanensis
- Phaeoclavulina insignis
- Phaeoclavulina longicaulis
- Phaeoclavulina macrospora
- Phaeoclavulina mutabilis
- Phaeoclavulina ochracea
- Phaeoclavulina roellinii
- Phaeoclavulina subclaviformis
- Phaeoclavulina tropicalis
- Phaeoclavulina viridis
- Phaeoclavulina zippelii