- Peniophora albobadia
- Peniophora albofarcta
- Peniophora albugo
- Peniophora arachnoidea
- Peniophora argentea
- Peniophora argillacea
- Peniophora aurantiaca
- Peniophora avellanea
- Peniophora bartholomaei
- Peniophora boidinii
- Peniophora bonariensis
- Peniophora canadensis
- Peniophora carnea
- Peniophora ciliata
- Peniophora cinerea
- Peniophora citrinella
- Peniophora colorea
- Peniophora crustosa
- Peniophora decorticans
- Peniophora discoidea
- Peniophora dubia
- Peniophora duplex
- Peniophora ericina
- Peniophora erikssonii
- Peniophora exima
- Peniophora fimbriata
- Peniophora firma
- Peniophora flammea
- Peniophora fumigata
- Peniophora galochora
- Peniophora globulifera
- Peniophora heterocystidea
- Peniophora incarnata
- Peniophora investiens
- Peniophora isabellina
- Peniophora junipericola
- Peniophora kauffmanii
- Peniophora laeta
- Peniophora laurentii
- Peniophora leiocystis
- Peniophora lepida
- Peniophora lilacea
- Peniophora limitata
- Peniophora livescens
- Peniophora lurida
- Peniophora lycii
- Peniophora malenconii
- Peniophora media
- Peniophora meridionalis
- Peniophora mimica
- Peniophora miniata
- Peniophora nuda
- Peniophora odorata
- Peniophora pallida
- Peniophora perexigua
- Peniophora piceae
- Peniophora pilatiana
- Peniophora pinastri
- Peniophora pini
- Peniophora pithya
- Peniophora polygonia
- Peniophora proxima
- Peniophora pruinata
- Peniophora pseudonuda
- Peniophora pseudopini
- Peniophora pseudoversicolor
- Peniophora puberula
- Peniophora pusilla
- Peniophora reidii
- Peniophora rufomarginata
- Peniophora separans
- Peniophora septentrionalis
- Peniophora seymouriana
- Peniophora shearii
- Peniophora stratosa
- Peniophora subglebulosa
- Peniophora subsulphurea
- Peniophora subtilis
- Peniophora suecica
- Peniophora tabacina
- Peniophora tamaricicola
- Peniophora tephra
- Peniophora texana
- Peniophora thujae
- Peniophora vernicosa
- Peniophora versicolor
- Peniophora versiformis
- Peniophora violaceolivida
- Peniophora wallacei