Endophyllum alaskanum- Endophyllum blumeae
- Endophyllum cassiae
- Endophyllum centranthi-rubri
- Endophyllum circumscriptum
- Endophyllum decoloratum
- Endophyllum dichroae
- Endophyllum elaeagni-latifoliae
- Endophyllum elytropappi
- Endophyllum euphorbiae-sylvaticae
- Endophyllum formosanum
- Endophyllum griffithsiae
- Endophyllum guttatum
- Endophyllum ixorae
- Endophyllum kaernbachii
- Endophyllum lacus-regis
- Endophyllum macowanianum
- Endophyllum macowanii
- Endophyllum metalasiae
- Endophyllum nairobianum
- Endophyllum pampeanum
- Endophyllum pumilio
- Endophyllum rivinae
- Endophyllum sedi
- Endophyllum sempervivi
- Endophyllum stachytarphetae
- Endophyllum superficiale
- Endophyllum valerianae-tuberculosae
- Endophyllum valerianae-tuberosae
- Endophyllum wedeliae