- Microthamnium aureum
- Microthamnium bessonii
- Microthamnium campaniforme
- Microthamnium cavifolium
- Microthamnium ctenidioides
- Microthamnium cygnicollum
- Microthamnium delicatulum
- Microthamnium leptoreptans
- Microthamnium leptosquarrosum
- Microthamnium longirostrum
- Microthamnium longo-reptans
- Microthamnium madagassum
- Microthamnium megapelmatum
- Microthamnium mexicanum
- Microthamnium micrurum
- Microthamnium nervosum
- Microthamnium oxystegum
- Microthamnium pseudo-elegans
- Microthamnium rhapidostegioides
- Microthamnium russellii
- Microthamnium smithii
- Microthamnium squamulosum
- Microthamnium substriatum
- Microthamnium viridicaule