- Chlamydomonas actinochloris
- Chlamydomonas agloeformis
- Chlamydomonas angulosa
- Chlamydomonas augustae
- Chlamydomonas braunii
- Chlamydomonas communis
- Chlamydomonas debaryana
- Chlamydomonas dorsoventralis
- Chlamydomonas dysosmos
- Chlamydomonas eugametos
- Chlamydomonas globosa
- Chlamydomonas gracilis
- Chlamydomonas hedleyi
- Chlamydomonas humicola
- Chlamydomonas intermedia
- Chlamydomonas lunata
- Chlamydomonas marina
- Chlamydomonas minutissima
- Chlamydomonas monadina
- Chlamydomonas monoica
- Chlamydomonas nivalis
- Chlamydomonas proboscigera
- Chlamydomonas proteus
- Chlamydomonas provasolii
- Chlamydomonas pseudagloe
- Chlamydomonas pseudococcum
- Chlamydomonas pulchra
- Chlamydomonas pulsatilla
- Chlamydomonas pulvisculus
- Chlamydomonas reinhardi
- Chlamydomonas reinhardtii
- Chlamydomonas simplex
- Chlamydomonas snowiae
- Chlamydomonas yellowstonensis
- Protococcus viridus