Microcotyle aigoi- Microcotyle angelichthys
- Microcotyle archosargi
- Microcotyle arripis
- Microcotyle bassensis
- Microcotyle bothi
- Microcotyle canthari
- Microcotyle centrodonti
- Microcotyle centropristis
- Microcotyle constricta
- Microcotyle donavini
- Microcotyle draconis
- Microcotyle emmelichthyops
- Microcotyle erythrini
- Microcotyle eueides
- Microcotyle fusiformis
- Microcotyle helotes
- Microcotyle hiatulae
- Microcotyle incisa
- Microcotyle johnsoni
- Microcotyle macanni
- Microcotyle macracantha
- Microcotyle macroura
- Microcotyle mouwoi
- Microcotyle nemadactylus
- Microcotyle neozealanicus
- Microcotyle odacis
- Microcotyle omanae
- Microcotyle otrynteri
- Microcotyle pacifica
- Microcotyle pentapodi
- Microcotyle peprili
- Microcotyle polymixiae
- Microcotyle polynemi
- Microcotyle pomatomi
- Microcotyle poronoti
- Microcotyle priacanthi
- Microcotyle pseudopercis
- Microcotyle sebastis
- Microcotyle sebastisci
- Microcotyle spinicirrus
- Microcotyle stenotomi
- Microcotyle tetranoriei
- Microcotyle zalembius