- Cocconeis adriatica
- Cocconeis aggregata
- Cocconeis antiqua
- Cocconeis apiculata
- Cocconeis baldjikiana
- Cocconeis brittanica
- Cocconeis churalis
- Cocconeis circulifera
- Cocconeis circumcincta
- Cocconeis citrina
- Cocconeis citronella
- Cocconeis coelatus
- Cocconeis concentrica
- Cocconeis confusa
- Cocconeis consociata
- Cocconeis conspicua
- Cocconeis costata
- Cocconeis crebra
- Cocconeis crebrestriata
- Cocconeis curvirotunda
- Cocconeis cyclophora
- Cocconeis danica
- Cocconeis decipiens
- Cocconeis decussata
- Cocconeis dehiscens
- Cocconeis depressa
- Cocconeis detoniana
- Cocconeis diaphana
- Cocconeis dirupta
- Cocconeis disculus
- Cocconeis dispar
- Cocconeis distans
- Cocconeis diversa
- Cocconeis divisa
- Cocconeis excentrica
- Cocconeis exoptata
- Cocconeis extravagans
- Cocconeis fasciolata
- Cocconeis fimbriata
- Cocconeis flexulla
- Cocconeis fulgur
- Cocconeis gautierii
- Cocconeis geometrica
- Cocconeis germainii
- Cocconeis grantiana
- Cocconeis grovei
- Cocconeis heteroidea
- Cocconeis interrupta
- Cocconeis juandenovensis
- Cocconeis kamchatkiensis
- Cocconeis kinkeri
- Cocconeis kuetzingii
- Cocconeis lamprostrata
- Cocconeis leonis
- Cocconeis limbata
- Cocconeis lorenziana
- Cocconeis major
- Cocconeis marginata
- Cocconeis minor
- Cocconeis molesta
- Cocconeis moronensis
- Cocconeis morrisii
- Cocconeis naviculoides
- Cocconeis neodiminuta
- Cocconeis nidulans
- Cocconeis nigricans
- Cocconeis nitida
- Cocconeis nitidula
- Cocconeis notata
- Cocconeis oblonga
- Cocconeis occulta
- Cocconeis oceanica
- Cocconeis ocellata
- Cocconeis oculuscatis
- Cocconeis orbiculata
- Cocconeis ospristis
- Cocconeis paniformis
- Cocconeis parthenopoea
- Cocconeis patavina
- Cocconeis pediculus
- Cocconeis pellucida
- Cocconeis peruviana
- Cocconeis pinnata
- Cocconeis placentula
- Cocconeis pseudomarginata
- Cocconeis pseudothumensis
- Cocconeis punctatissima
- Cocconeis pygmaea
- Cocconeis regalis
- Cocconeis rhombifera
- Cocconeis robusta
- Cocconeis sagaraensis
- Cocconeis sawensis
- Cocconeis schuetii
- Cocconeis scutellum
- Cocconeis senegalensis
- Cocconeis sigmoradians
- Cocconeis sparsipunctata
- Cocconeis speciosa
- Cocconeis squama
- Cocconeis striata
- Cocconeis striolata
- Cocconeis tenuissima
- Cocconeis tortilis
- Cocconeis totarae
- Cocconeis versicolor
- Cocconeis vitrea
- Cocconeis voluta
- Cocconeis wheeleri